O IPEC apresenta uma estrutura organizacional dividida em dois núcleos de trabalho: Educação para o Pensar e Responsabilidade Social. Constituídos com a finalidade de executar melhor as ações, esses núcleos se sequenciam em três passos:

1. O desenvolvimento de Linhas de Pesquisa para que as pessoas envolvidas em cada um dos núcleos de trabalho possam entender mais profundamente de um determinado tema e, assim, executar seu trabalho com mais competência, conhecimento e domínio.



2. A formatação de Programas que são idealizados para servirem de laboratório aos estudos realizados pelas Linhas de Pesquisa.

3. A execução de Projetos, derivados dos Programas e adaptados aos devidos públicos.